Катедрите се основни внатрешни организациони единици на факултетот. Во моментов на Градежен факултет-Скопје функционираат 14 катедри, кои заради поврзување на научните области, насочување и усогласување на наставно-образовната и со неа поврзаната научно-истражувачка дејност, се организирани во 5 оддели:
| I. Оддел за анализа на конструкции и земјотресно инженерство
раководител: проф. д-р Елена Думова – Јованоска |
| 1. Катедра за механика и материјали
раководител: проф.д-р Владимир Витанов |
| 2. Катедра за теорија на конструкции и компјутерска анализа
раководител: проф. д-р Елена Думова – Јованоска |
| II. Оддел за конструкции
раководител: проф. д-р Тони Аранѓеловски |
| 3. Катедра за бетонски и дрвени конструкции
раководител: проф. д-р Тони Аранѓеловски |
| 4. Катедра за метални конструкции
раководител: проф. д-р Миле Партиков |
| III. Оддел за хидротехника и организација на градбата
раководител: проф. д-р Петко Пеливановски |
| 5. Катедра за хидраулика, хидрологија и уредување на водотеци
раководител: проф. д-р Виолета Ѓешовска |
| 6. Катедра за водоснабдување, канализација и мелиорации
раководител: доц. д-р Гоце Тасевски |
| 7. Катедра за хидротехнички објекти
раководител: проф. д-р Стевчо Митовски |
| 8. Катедра за организација, технологија и менаџмент во градежништвото
раководител: проф. д-р Маријана Лазаревска |
| IV. Оддел за геотехника, патишта и железници
раководител: проф.. д-р Зоран Кракутовски |
| 9. Катедра за патишта
раководител: проф. д-р Дарко Мославац |
| 10. Катедра за железници
раководител: проф. д-р Зоран Кракутовски |
| 11. Катедра за геотехника
раководител: доц. д-р Јосиф Јосифовски |
| V. Оддел за геодезија и математика
раководител: доц. д-р Ѓорѓи Ѓорѓиев |
| 12. Катедра за геодезија
раководител: проф. д-р Ѓорѓи Ѓорѓиев |
| 13. Катедра за виша геодезија
раководител: доц. д-р Златко Србиновски |
| 14. Катедра за математика и информатика
раководител: проф. д-р Зоран Мисајлески |